Отец Пио родился 25 мая 1887 г. в Пьетрельчине, небольшой деревне в Южной Италии. Он был пятым из восьми детей супругов. При крещении он получил имя Франческо. Пятилетним ребёнком Франческо увидел в чудесном видении Иисуса Христа и дал Ему свой первый обет «всегда принадлежать Господу». В 15 лет он поступил в монастырь францисканцев-капуцинов, приняв имя Пио (или Пий), год спустя принял вечные обеты и готовился стать священником, изучая философию и богословие. Несмотря на слабое здоровье и частые болезни, в 1910 г. в возрасте 23 лет он был рукоположен в священники.
28 июля 1916 г., был переведён в монастырь Сан Джованни Ротондо, где оставался до конца своей жизни, став духовным наставником францисканской молодёжи, которую он учил не только словом, но и собственным примером.
20 сентября 1918 г. во время молитвы перед образом распятого Христа на руках, ногах и боку о. Пио появились стигматы. В Сан Джованни Ротондо потянулись толпы паломников, желавших исповедоваться у необычного монаха и попросить о его молитве. Следом за ними в небольшой монастырь стали приезжать церковные иерархи и журналисты. Все хотели увидеть о. Пио и его стигматы.
Его необычайный мистический опыт исследовали не только церковные эксперты, но и врачи. О. Пио должен был переносить всё это в духе послушания, даже когда церковные власти по совету врачей на два года запретили ему исповедовать верных и публично служить Святую Мессу.
Врачи, проведя ряд анализов, объявили, что наука не может понять природу появления стигматов, и после двухлетнего перерыва о. Пио разрешили снова служить Мессы в присутствии верующих и исповедовать их, а монастырь вновь наполнился паломниками.
О. Пио вёл обычную монастырскую жизнь и, несмотря на физические страдания, был очень ревностным священником. Часто у него были видения Страстей Господних, Девы Марии, Святого Семейства, Младенца Иисуса и Ангела-хранителя. В этих видениях он общался с умершими и святыми, разговаривал с душами в чистилище. Исповедь о. Пио обладала особой силой: он видел насквозь душу кающегося грешника.
Однажды прибывший в Сан Джованни Ротондо паломник стал требовать у монахов, чтобы они немедленно привели к нему о. Пио, которому он хочет исповедоваться, потому что у него нет времени ждать. Отец Пио сказал на это братьям: «Этот человек двадцать пять лет собирался прийти на исповедь, а теперь не может подождать пять минут».
Отец Пио пророчески видел многие события из жизни кающихся людей, никто не мог скрыть от него какой-либо грех, при этом он не пытался быть психоаналитиком, а просто напоминал евангельские истины и советовал, отпуская грехи: «Сохраняй всегда спокойствие и хорошее настроение, ведь тебе нечего бояться… Иисус и Мария – всегда рядом».
Отец Пио владел французским, немецким и греческим языками, хотя никогда не учил ни одного из них. Утверждают, что он был наделён даром билокации: однажды во время войны он появился на поле боя на Сицилии и предупредил неизвестного ему капитана, чтобы тот перешёл на другое место; капитан послушался и спасся от смерти, поскольку в то место, где он до этого находился, попал снаряд.
Вокруг о. Пио всегда собиралась молодёжь, которую он учил искусству общения с Богом. Основанные им молитвенные группы росли во всём мире, как грибы после дождя. О. Пио черпал в Евхаристии жизненные силы.
Однажды, когда его спросили, где искать его после смерти, о. Пио ответил просто: «Идите к дарохранительнице, там встретите Иисуса, а также и меня».
Он никогда не расставался с чётками и побуждал других читать Розарий, говоря: «Старайтесь любить Марию и делайте всё, чтобы Её любили. Читайте розарий, и всё будет хорошо… Розарий – это триумф Господа».
В 1922 г. религиозное общество милосердия выступило с инициативой постройки госпиталя в Сан Джованни Ротондо, и о. Пио первый внёс пожертвование на строительство госпиталя. Он сам постоянно испытывал боль, и поэтому был особенно чувствителен к страданиям других. Список имён исцелённых благодаря молитве о. Пио мог бы составить целые тома.